No ano de 1877 aconteceu a inauguração da primeira estação ferroviária de Guaratinguetá, pela E.F. do Norte, com a presença de autoridades e personalidades marcantes da época, como Visconde de Guaratinguetá, um dos acionistas da Estrada de Ferro, e o Conde D'Eu.
Exatamente 13 anos depois, em 1890, a estação ampliada, sendo que a oeste foi construído um local adequando para a recepção de passageiros, sendo que o primeiro prédio ficou exclusivo para funcionamento de um armazém. A estação ficava entre as ruas Dr. Martiniano e Cel. João Vieira (hoje João Coelho).
A atual estação foi construída em 1914, considerado um dos mais bonitos do ramal. O prédio oi viabilizado depois de uma parceria entre os prefeitos do Rio de Janeiro e Guaratinguetá, e a E.F. do Norte.
A Prefeitura, então, prolongaria a rua da Estação para um melhor acesso, enquanto a Central construiria uma nova estação que substituiria a original, já então com quase quarenta anos e em "estado lastimável". No dia 1° de novembro de 1914, com muitas festas, houve a inauguração do novo prédio. Até os anos 50, era o ponto de encontro das personalidades da cidade e da região. Foi desativada pela REFESA em 1996; depois disso a estação foi abandonada, não sendo utilizada pela MRS, concessionária do trecho.
Em 2002, a Prefeitura Municipal de Guaratinguetá adquiriu o prédio da estação e das oficinas ao lado junto a RFFSA. Com esta 'conquista', uma associação deu entrada com um projeto executivo, desenvolvido por Falcão e Bauer, junto ao Ministério da Cultura. Dois anos depois da aquisição do prédio pela Prefeitura, em 2004, foi aprovado o projeto dentro da Lei Roaunet para o início da revitalização do local.